Пример запуска Gromacs на кластере СКИТ

В качестве примера используем gmxbench с домашнего сайта gromacs.

Создаем директорию для экспериментов:

[glad@access ~]$ mkdir test

[glad@access ~]$ cd test

Загружаем и распаковываем gmxbench:

[glad@access test]$ wget 'ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/gmxbench-3.0.tar.gz'

--2013-09-23 21:18:24--  ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/gmxbench-3.0.tar.gz

=> `gmxbench-3.0.tar.gz'

Resolving ftp.gromacs.org... 130.238.41.205

Connecting to ftp.gromacs.org|130.238.41.205|:21... connected.

Logging in as anonymous ... Logged in!

==> SYST ... done.    ==> PWD ... done.

==> TYPE I ... done.  ==> CWD /pub/benchmarks ... done.

==> SIZE gmxbench-3.0.tar.gz ... 4060558

==> PASV ... done.    ==> RETR gmxbench-3.0.tar.gz ... done.

Length: 4060558 (3.9M)

100%[======================================================================>] 4,060,558   1.18M/s   in 3.3s   

2013-09-23 21:18:28 (1.18 MB/s) - `gmxbench-3.0.tar.gz' saved [4060558]

[glad@access test]$ tar xf gmxbench-3.0.tar.gz

Берем первый попавшийся тест с gmxbench:

[glad@access test]$ ls

d.dppc  d.lzm  d.poly-ch2  d.villin  gmxbench-3.0.tar.gz

[glad@access test]$ cd d.dppc/

[glad@access d.dppc]$ ls

conf.gro  grompp.mdp topol.top

Готовим скрипт запуска примерно следующего содержания:

[glad@access d.dppc]$ cat run.sh

#!/bin/bash

# Подключаем скрипт GMXRC из выбранной версии gromacs, который настраивает окружение (пути к утилитам и библиотекам) для gromacs соответствующей версии.

source /opt/gromacs/4.6.3/bin/GMXRC

# Запускаем утилиты gromacs, которые подготавливают данные для расчетов

grompp -c conf.gro -p topol.top -f grompp.mdp

# Запускаем выполнение расчетов. Вместо непосредственного вызова mpirun используем переменную $GMX_MPIRUN, которую подготовил скрипт GMXRC. Она содержит mpirun со всеми необходимыми для запуска mdrun_mpi опциями.

$GMX_MPIRUN mdrun_mpi -s topol.tpr

Выставляем права на запуск:

[glad@access d.dppc]$ chmod +x run.sh

Ставим в очередь задачу:

[glad@access d.dppc]$ sbatch -n 4 -p lite_task ./run.sh

sbatch: Submitted batch job 168017

Наблюдаем за состоянием задачи с помощью squeue.

Когда задача завершится, результат выполнения будет в текущей директории. Там же будет и output файл с названием slurm-<job_ib>.out, содержащий лог выполнения.

Смотрим output файл: 

[glad@access d.dppc]$ tail slurm-168017.out

Parallel run - timing based on wallclock.

NODE (s)   Real (s)      (%)

Time:    386.903    386.903    100.0

                       6:26

               (Mnbf/s)   (GFlops)   (ns/day)  (hour/ns)

Performance:    301.519     10.486      2.234     10.745

gcq#77: "Hold On Like Cliffhanger" (Urban Dance Squad)