Пакет NAMD

Пакет молекулярной динамики NAMD предназначен для моделирования сверхбольших биологических объектов на суперкомпьютерах и обладает высокой степенью масштабируемости по количеству вычислительных ядер.

Для начала работы с пакетом достаточно взять как пример профиль namd в форме запуска.